Después, en noviembre de 2525, fue informado de la amenaza del Covenant; él y los otros Spartans lucharían por muchos años contra este nuevo enemigo. Primero fueron enviados al Laboratorio para prueba de materiales de Damasco en el Chi-Ceti 04 para recuperar la armadura MJOLNIR Mark IV. Mientras recuperaban la armadura, la nave de UNSC en la cual ellos habían llegado a ese sistema se enfrenta con una fragata Covenant. Después de dejar el planeta, Sam, Kelly, y John, asaltaron la nave y plantaron una bomba. Esta inserción dio lugar en última instancia a la muerte de Sam, que decidio permanecer atrás para asegurar la detonación de los explosivos luego de que su armadura fuera perforada al ser alcanzado por un impacto de plasma. Forzado a dejar la nave del Covenant sin uno de sus amigos más cercanos, John, comprende entonces lo que Mendez, había querido decir acerca de la diferencia entre una vida útil o una vida perdida.
El 1 de mayo de 2531, John y su equipo de SPARTAN-II fue enviado al sistema de 111 Tauri, en el planeta Victoria. La misión era recuperar, cabezas nucleares robadas por los rebeldes insurrectos. Entre su equipo de cinco hombres, Kurt-051 se convirtió en el reemplazo del Sam, antiguo rival de John durante el entrenamiento, John sintio que Kurt comprometería la misión debido su “carencia de disciplina” y del “tener emociones graciosas.” Sin embargo, durante la misión John-117, Kelly-087, Linda-058, y Fred-104 fueron capturados por los comandos rebeldes dirigidos por el General Graves. Las dudas de John sobre Kurt, resultaron ser falsas cuando este los libero de su captura. No fue hasta después del rescate que el equipo azul acepto a Kurt abiertamente.
Halo: Combat Evolved and The Flood
Mientras la humanidad peleaba una guerra perdida contra el Covenant, el Alto Mando de la UNSC desarrollo como un último recurso un plan para capturar a un Alto Profeta Covenant, a quien esperaban poder usar para negociar una tregua. Antes de la planeación de la misión, la armadura MJOLNIR Mark IV fue mejorada a Mark V, integrando en la armadura el sistema de escudos de energía Covenant. Antes de que la parte física de la misión pudiera ser puesta en acción, la colonia Reach fue atacada, que era la principal base terrestre para la operación, astillero interespacial y centro de las operaciones navales. La mayoría de los Spartans fueron enviados a la superficie de Reach para defender las instalaciones terrestres y los reactores de fusión que alimentan la energía de las armas MAC en órbita. Master Chief fue enviado junto con otros dos Spartans, Linda y James, para destruir una pequeña nave invisible de la Oficina Naval de Inteligencia (ONI), de manera que la info. de navegación, la cual dirigiría al Covenant hacia a la Tierra, no cayera en manos enemigas. Master Chief logra completar su misión y regresa al Baluarte de Otoño (Pillar of Autumn), mientras que la flota de la UNSC, Soldados y Spartans defendiendo Reach estaban siendo diezmados. Sin embargo, James se perdio en el espacio profundo y Linda, después de haber sido herida severamente en acción, fue colocada en una camara criogénica a bordo del Pillar of Autumn. A sabiendas de que Reach estaba perdido, el Baluarte de Otoño adquirió un curso al azar según lo estipulado en el Protocolo Cole. Master Chief, aparentemente el último soldado clase Spartan con vida, entro en sueño Criogenico junto con la tripulación del Pillar, un procedimiento estándar para saltos espaciales. Mientras, las ciudades y pueblos de Reach eran arrasadas como consecuencia del bombardeo orbital cortesía de los Covenant (trabajo de los destructores covenant-CPV), algunos Spartans, que habian logrado escapar, consiguen esconderse en áreas que no estaban siendo bombardeadas.
Al salir del hiperspacio, el Pillar of Autumn, comandado por el Capitan Jacob Keyes, ayudado por Cortana, la Inteligencia Artificial abordo, fue atacado por el covenant y , en un último esfuerzo para salvar a la tripulación aterrizó en una estructura en forma de anillo (No sin antes evacuar a parte de la tripulación, a Master Chief y a Cortana; esta fué evacuada porque según Keyes la "captura o destrucción de una IA de nave es inaceptable"), llamada “Halo” por el Covenant. En el medio de la pelea, se descubrió que Halo era una estructura que fue creada por los Forerunners (Antepasados) como una última línea de defensa en contra de un parasito alienígena llamado The Flood. Los Flood fueron accidentalmente liberados por la fuerza exploratoria Covenant; como consecuencia, la mayoría de las fuerzas Covenant y de la UNSC que aterrizaron en el Halo fueron infectadas por el parásito y se convirtieron en parte del Flood. Mientras en otra parte de la instalación, una antigua I. A. llamada Chispa Cupable 343 (343 Guilty Spark) hace que Master Chief, recupere el Índice, un dispositivo que activara el Halo y supuestamente eliminaría a los Flood. Sin embargo, Guilty Spark no informa a Master Chief que el Halo lograría esto destruyendo a toda la vida conciente en un vasto radio, esencialmente aniquilando al Flood por hambre, al destruir su principal fuente de alimento. Según palabras de Gulty Spark, las “otras instalaciones” emularían la orden, y la vida conciente seria eliminada de toda la galaxia. La intervención oportuna de Cortana previno la activación del Halo, y los dos decidieron destruir el Halo. Peleando en contra de inmensos números de tropas Covenant, Flood y los centinelas Forerunner controlados por Guilty Spark, Master Chief desactivo temporalmente el mecanismo de disparo del Halo destruyendo sus tres generadores de pulso que magnificarían su rango, y regreso al Baluarte de Otoño. Ahí, el sobrecargo el reactor de fusión nuclear de la nave para iniciar una explosión que provocaría una reacción en cadena que haría que las propias fuerzas centrifugas del Halo lo hicieran colapsar sobre si mismo, destruyendo el Halo y diezmando a las fuerzas de ocupación/invasión dirigidas por el futuro Inquisidor que habían destruido Reach y perseguido al Pillar of Autumn.
First Strike
Master Chief, junto con algunos sobrevivientes del personal de la UNSC, que sobrevivió a los eventos de Halo, logró capturar el Ascendant Justice la nave insignia Covenant, y regresaron al planeta Reach para contactar al Alto Mando. En Reach, Master Chief descubre que los Covenant no han erradicado la biosfera del planeta de la manera que normalmente lo harían, ya que algunos soldados Spartans seguían con vida. Después de rescatarlos, junto a la Dra. Catherine Halsey, la genio creativa detrás del proyecto “SPARTAN-II”, los Spartans atacan una estación de comando Covenant, el Unyielding Hipheorant, la cual estaba siendo usado como base para coordinar una ataque dirigido a la Tierra.
Al final de la novela, uno de los pocos sobrevivientes de los Eventos de Halo es el Sargento Avery Jonhson, cuya vida estuvo en las manos de Master Chief. Antes de la desaparición de la Dra. Halsey, ella le da a Master Chief una lección final sobre sacrificar una vida por un bien mayor, o salvar todas las vidas que sean posibles. En el caso de Jonhson, Master Chief tuvo que eligir entre entregar los datos de combate regulares del Flood (recopilados por Cortana), o entregar los datos completos que incluían el extraño accidente de Jonhson con el Flood al cual sobrevivió. Al final de “First Strike”, Master Chief elige entregar solo los datos de combate regulares. Por otra parte, solo cinco de los Spartans originales siguen activos en servicio: Linda (Spartan-058), que fue revivida por los cuidados médicos Dra. Halsey, Fred (Spartan-104), y John. Kelly, “Spartan”-087, sigue con vida pero ha sido raptada por propósitos desconocidos por la Dra. Halsey, en el libro declara que es “una misión privada”. Todos los otros Spartans están Perdidos en Acción (MIA, por sus siglas en ingles) o confirmados muertos en acción (KIA); sin embargo, los SPARTAN muertos son publicados como Perdidos en Acción o WIA (siglas en ingles de Heridos en Acción) para mantener la ilusión de que los Spartans no pueden morir, en un esfuerzo de darle esperanzas a la humanidad y aumentar la moral.
En adición a los cinco Spartans mencionados arriba, de hecho hay otros tres Spartans designados al “Gray Team” quienes, antes de la caída del planeta Reach y los eventos en la Instalación 04 cuando los Spartans se reunieron en el Pillar of Autumn, se encontraban en combate en lugares muy lejanos para ser fácilmente localizados. Quizás hayan caído ante fuerzas del Covenant dado que, según la novela Halo: Ghosts of Onyx, el “Gray Team” nunca hizo con contacto con el Comando por cerca de un año. También quedan otros tres Spartans vivos que se han retirado del servicio y que aún siguen con vida.
Halo 2
Al llegar a la Tierra, la armadura MJOLNIR Mark V gravemente dañada de Master Chief, fue reemplazada por el nuevo y mejorado modelo Mark VI (recientemente probada en combate por SPARTAN-062 María), basada en mejoras hechas a la tecnología del Covenant usada en el Mark V. Will, Fred y Linda están ausentes sin explicación, pero se especula que están bajo una extensiva recuperación medica. Master Chief atiende a una breve ceremonia de condecoración a bordo de la Plataforma de Defensa Terrestre Cairo o Estación Cairo que fue rudamente interrumpida por una grupo de combate Covenant, compuesta de una inusualmente escasa flota de naves (trece cruceros de batalla-CCS y 2 transpores de asalto-CAT, uno de ellos con un profeta a bordo). El Covenant abordó la Estación Cairo, pero fueron repelidos por Master Chief y las tropas de UNSC. Alcanzado un transporte de asalto y destruyéndolo con su propia bomba colocada para destruir la estación, y luego alcanzo el In Amber Clad que descendio en Nueva Mombasa para combatir a las fuerzas terrestres del Covenant. Master Chief liberó la ciudad y destruyó un gigantesco caminador Scarab con la ayuda de un pequeño escuadrón de Marines. Mientras el Covenant partió usando un salto hiperespacial dentro de la ciudad, el In Amber Clad los siguió hasta la Instalación 05 – Delta Halo. No fue hasta la desaparición de Master Chief que Will, Fred y Linda ayudaron en la defensa de la Tierra por dos semanas.
Master Chief y un pequeño escuadrón de tropas de impacto (conocidas en el juego como ODSTs por las siglas en inglés de “Orbital Drop Shock Trooper”, que son algo así como el equivalente en el Universo de Halo a los paracaidistas de la Segunda Guerra Mundial) asesinan al Alto Profeta del Pesar, lo que ocasiona una Guerra Civil dentro del Covenant.
Después de apenas escapar del Templo Principal de los Altos Profetas, Master Chief se encuentra con su contraparte Elite Covenant, el Inquisidor ambos rescatados por Gravemind, una forma de vida inteligente que forma parte de los Flood. Gravemind tenía su propia agenda y envio a los dos soldados a detener a los Jerarcas Profetas. (Incluso sin la Instalación 04, la devastación causada por los 5 anillos restantes seria aun apocalíptica, destruyendo ambas razas y mucho de las fuentes de alimento de los Flood) Gravemind envia a Master Chief a infiltrarse en Suma Caridad, la nave-ciudad capital Covenant, mientras que el Inquisidor es enviado a perseguir y detener a Tartarus, en la superficie del Delta Halo. Mientras Master Chief distraía al Covenant en Suma Caridad, quienes ya estaban envueltos en una Guerra Civil, Gravemind tomó el In Amber Clad, lo llenó con formas de combate Flood, y saltó al hiperespacio con la desafortunada nave hacia Suma Claridad. De los restos de la destrucción salio la fuerza de invasión Flood.
Master Chief siguio al Profeta de la Verdad, a través de oleadas de Flood combatientes hacia una nave Forerunner y logro abordarla antes de que embarcara hacia la Tierra. En una nota ironica de Halo: Ghost of Onyx, los camaradas SPARTAN-II sobrevivientes de John desaparecieron antes de su regreso a la Tierra asistiendo a la Dra. Halsey en Onyx, pero John nunca se entero de este incidente.
Cortana permaneció en Suma Claridad mientras John perseguía al Profeta de la Verdad, para detonar la In Amber Clad, ya casi destruida pero infestada de Flood, en caso de que el Halo Delta fuera activado. Cuya detonación debería dañar la instalación lo suficiente como para incapacitar la Superarma del Halo. A pesar de que el conteo regresivo para el Halo Delta fue iniciado por Tartarus, Cortana no detono el In Amber Clad
Halo 3
Lo único que se sabe hasta ahora es que Cortana al parecer esta bajo la influencia de Gravemind… que Master Chief, cuya armadura luce severamente dañada por el continuo combate, regresa a una Tierra conquistada y controlada por el Covenant, que al parecer han localizado y activado algún artefacto Forerunner, presumiblemente "el Arca", ahora con una nueva armadura, nuevos vehiculos y armas y nuevos aliados como el Inquisidor, como se ve en el trailer del 2007, el Jefe se prepara a salvar lo que queda de la tierra contra este nuevo y poderoso ejercito ocupador del Covenant y descubrir el secreto que los Foreunners dejaron en la tierra.
Condecoraciones, grados militares y demás
Corazón púrpura (Durante una batalla contra unas tropas rebeldes en el cinturón de asteroides de Eridanus)
Líder del Equipo SPARTAN Azul (De todos solo SPARTAN Kelly-087 y Master Chief quedan vivos)
Líder de las tropas humanas en caso no se encontrase un oficial de un rango más alto.
Grado militar de Master Chief Petty Officer.
Supervisor de SPARTANs en el entrenamiento
Creditos:
Halo Sagas
Pepe-117